Pandemi Covid-19 telah mengubah banyak hal dalam aktivitas masyarakat. Kampanye pemerintah untuk mencegah penyebaran virus covid-19 antara lain tidak melakukan banyak aktivitas di luar rumah. Akibatnya, sekolah ditutup dan siswa belajar secara daring dari rumah. Dampaknya terhadap ekonomi, terutama jaminan kerja dan pendapatan yang stagnan, membuat sebagian orang tua siswa Joglo Preschool kesulitan menuntaskan biaya pendidikan yang sebelumnya mampu mereka tanggung. Bahkan, kesulitan bertambah ketika orang tua juga harus mendampingi aktivitas anak di rumah.
Selama periode epidemi Covid-19 pada Maret 2020, pemerintah mengimbau agar kegiatan tatap muka di Joglo dihilangkan, tetapi pada awal April 2020, Joglo mulai membuka kegiatan sekolah dengan menggunakan protokol kesehatan Covid-19. Setiap hari ada dua kelompok, masing-masing selama 1,5 jam terdiri dari 4-6 anak sesuai tahap perkembangan. Penerapan prinsip Permakultur di lingkungan Joglo sangat membantu kenyamanan anak-anak dalam melakukan aktivitas. Penataan bangunan dan ruang belajar dengan ventilasi yang memadai serta ruang terbuka mendukung metode pembelajaran dengan penerapan protokol Covid-19. Anak-anak datang dengan mengenakan masker, mencuci tangan sendiri di tempat yang telah disediakan, lalu meletakkan sandal, tas, dan perlengkapan mereka di tempat yang semestinya. Hal-hal tersebut telah menjadi kegiatan rutin bagi anak-anak.
Suatu hari, Bidara, 6 tahun, menegur orang dewasa yang tidak memakai masker dan masuk ke sekolah. Bidara bertanya, “Kenapa kamu tidak pakai masker?” Ternyata Bidara memahami pentingnya menggunakan masker dalam situasi pandemi ini. Saling mengingatkan untuk mencuci tangan, menjaga jarak dan memakai masker dilakukan oleh anak-anak itu sendiri.
Kaka, 6 tahun, selalu datang ke tempat cuci tangan. Kaka suka mencuci tangannya sambil bermain sabun busa. Mencuci tangan sudah menjadi kebiasaan bagi semua anak di Joglo sebelum wabah Covid-19, sehingga anak-anak tidak merasa aneh ketika pemerintah mengampanyekan cuci tangan di masyarakat.